Schatz, Michael

Associate Professor
Computer Science-faculty
http://schatz-lab.org

Malone Hall 323
3400 N Charles St
(410) 516-5765
mschatz@jhu.edu

Jump to:

About

Education
  • Ph.D. May 15, 2010, University of Maryland
  • M.S. May 15, 2008, University of Maryland
  • B.S. December 15, 2000, Carnegie Mellon University
Experience
  • January 1, 2016 - Present:  Adjunct Associate Professor, Cold Spring Harbor Laboratory
Research Areas
  •  Computational Biology, Genomics, Cancer Biology, Genome Assembly & Validation, Sequence Alignment, Variant Analysis, Transcriptional Dynamics, High Performance and Multicore Computing, Cloud Computing.
Awards
  • 2015:  Research Fellowship in Computational and Evolutionary Molecular Biology
  • 2014:  CAREER Award for Algorithms for Single Molecule Sequence Analysis
  • 2012:  Winship Herr Award for Excellence in Teaching
  • 2011:  Winship Herr Award for Excellence in Teaching
Presentations
  • "Accurate and fast detection of complex and nested structural variations using long read technologies", Biological Data Science.  Cold Spring Harbor Laboratory.  October 28, 2016
  • "Scikit-ribo reveals precise codon-level translational control by dissecting ribosome pausing and codon elongation", Biological Data Science.  Cold Spring Harbor Laboratory.  October 28, 2016
  • "Complex structural variations and oncogene amplifications revealed by single cell and single molecule sequencing", Cancer Research Seminar.  Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at Johns Hopkins.  September 21, 2016
  • "Fast and accurate detection of structural variations using SMRT-sequencing", PacBio Users Meeting.  Gaithersburg, MD.  September 14, 2016
  • The resurgence of reference quality genomes.  Atlanta, FA.  August 24, 2016
  • "Recurrent noncoding regulatory mutations in pancreatic ductal adenocarcinoma", Biology of Genomes.  Cold Spring Harbor Laboratory.  May 12, 2016
  • "SplitThreader: A graphical algorithm for analysis of highly rearranged and amplified cancer genomes", Advances in Genome Biology and Technology.  Orlando, FL.  February 10, 2016
  • "The Resurgence of Reference Quality Genomes", Plant and Animal Genomes Conference .  San Diego, CA.  January 12, 2016

Publications

Journal Articles
  • Nattestad, M., Schatz, M. (2016).  Assemblytics: a web analytics tool for the detection of variants from an assembly.  Bioinformatics.  32(19).  3021–3023.
  • Vij, S., Kuhl, H., Kuznetsova, I. S., Komissarov, A., Yurchenko, A. A., Van Heusden, P., Singh, S., Thevasagayam, N. M., Prakki, S. R., Purushothaman, K., others. (2016).  Chromosomal-level assembly of the Asian seabass genome using long sequence reads and multi-layered scaffolding.  PLoS Genet.  12(4).  e1005954.
  • Vembar, S. S., Seetin, M., Lambert, C., Nattestad, M., Schatz, M., Baybayan, P., Scherf, A., Smith, M. L. (2016).  Complete telomere-to-telomere de novo assembly of the Plasmodium falciparum genome through long-read (> 11 kb), single molecule, real-time sequencing.  DNA Research.  23(4).  339–351.
  • Rosenfeld, J. A., Reeves, D., Brugler, M. R., Narechania, A., Simon, S., Durrett, R., Foox, J., Shianna, K., Schatz, M., Gandara, J., others. (2016).  Genome assembly and geospatial phylogenomics of the bed bug Cimex lectularius.  Nature communications.  7.
  • Fang, H., Bergmann, E. A., Arora, K., Vacic, V., Zody, M. C., Iossifov, I., O’Rawe, J. A., Wu, Y., Barron, L. T., Rosenbaum, J., others. (2016).  Indel variant analysis of short-read sequencing data with Scalpel.  Nature Protocols.  11(12).  2529–2548.
  • Bombarely, A., Moser, M., Amrad, A., Bao, M., Bapaume, L., Barry, C. S., Bliek, M., Boersma, M. R., Borghi, L., Bruggmann, R., others. (2016).  Insight into the evolution of the Solanaceae from the parental genomes of Petunia hybrida.  Nature plants.  2.  16074.
  • Chin, C., Peluso, P., Sedlazeck, F. J., Nattestad, M., Concepcion, G. T., Clum, A., Dunn, C., O’Malley, R., Figueroa-Balderas, R., Morales-Cruz, A., others. (2016).  Phased diploid genome assembly with single-molecule real-time sequencing.  Nature Methods.  13(12).  1050–1054.
  • Lemmon, Z. H., Park, S. J., Jiang, K., Van Eck, J., Schatz, M., Lippman, Z. B. (2016).  The evolution of inflorescence diversity in the nightshades and heterochrony during meristem maturation.  Genome Research.  26(12).  1676–1686.
  • Stephens, Z. D., Lee, S. Y., Faghri, F., Campbell, R. H., Zhai, C., Efron, M. J., Iyer, R., Schatz, M., Sinha, S., Robinson, G. E. (2015).  Big data: astronomical or genomical?.  PLoS Biol.  13(7).  e1002195.
  • Schatz, M. (2015).  Biological data sciences in genome research.  Genome research.  25(10).  1417–1422.
  • Zhou, X., Battistoni, G., El Demerdash, O., Gurtowski, J., Wunderer, J., Falciatori, I., Ladurner, P., Schatz, M., Hannon, G. J., Wasik, K. A. (2015).  Dual functions of Macpiwi1 in transposon silencing and stem cell maintenance in the flatworm Macrostomum lignano.  RNA.  21(11).  1885–1897.
  • Church, D. M., Schneider, V. A., Steinberg, K. M., Schatz, M., Quinlan, A. R., Chin, C., Kitts, P. A., Aken, B., Marth, G. T., Hoffman, M. M., others. (2015).  Extending reference assembly models.  Genome Biol.  16.  13.
  • Wasik, K., Gurtowski, J., Zhou, X., Ramos, O. M., Delás, M. J., Battistoni, G., El Demerdash, O., Falciatori, I., Vizoso, D. B., Smith, A. D., others. (2015).  Genome and transcriptome of the regeneration-competent flatworm, Macrostomum lignano.  Proceedings of the National Academy of Sciences.  112(40).  12462–12467.
  • Garvin, T., Aboukhalil, R., Kendall, J., Baslan, T., Atwal, G. S., Hicks, J., Wigler, M., Schatz, M. (2015).  Interactive analysis and assessment of single-cell copy-number variations.  Nature methods.  12(11).  1058–1060.
  • Wences, A. H., Schatz, M. (2015).  Metassembler: Merging and optimizing de novo genome assemblies.  Genome biology.  16(1).  1–10.
  • MacColl, E., Therkelsen, M. D., Sherpa, T., Ellerbrock, H., Johnston, L. A., Jariwala, R. H., Chang, W., Gurtowski, J., Schatz, M., Hossain, M. M., others. (2015).  Molecular genetic diversity and characterization of conjugation genes in the fish parasite Ichthyophthirius multifiliis.  Molecular phylogenetics and evolution.  86.  1–7.
  • Goodwin, S., Gurtowski, J., Ethe-Sayers, S., Deshpande, P., Schatz, M., McCombie, W. R. (2015).  Oxford Nanopore sequencing and de novo assembly of a eukaryotic genome.  BioRxiv.  013490.
  • Smolka, M., Rescheneder, P., Schatz, M., von Haeseler, A., Sedlazeck, F. J. (2015).  Teaser: Individualized benchmarking and optimization of read mapping results for NGS data.  Genome biology.  16(1).  1–10.
  • Narzisi, G., Schatz, M. (2015).  The challenge of small-scale repeats for indel discovery.  Frontiers in bioengineering and biotechnology.  3.
  • Schatz, M. (2015).  The next 20 years of genome research.  bioRxiv.  020289.
  • Ming, R., VanBuren, R., Wai, C. M., Tang, H., Schatz, M., Bowers, J. E., Lyons, E., Wang, M., Chen, J., Biggers, E., others. (2015).  The pineapple genome and the evolution of CAM photosynthesis.  Nature genetics.  47(12).  1435–1442.
  • Narzisi, G., Rawe, J. A., Iossifov, I., Fang, H., Lee, Y., Wang, Z., Wu, Y., Lyon, G. J., Wigler, M., Schatz, M. (2014).  Accurate detection of de novo and transmitted INDELs within exome-capture data using micro-assembly.  bioRxiv.  001370.
  • Titmus, M. A., Gurtowski, J., Schatz, M. (2014).  Answering the demands of digital genomics.  Concurrency and Computation: Practice and Experience.  26(4).  917–928.
  • Lee, H., Gurtowski, J., Yoo, S., Marcus, S., McCombie, W. R., Schatz, M. (2014).  Error correction and assembly complexity of single molecule sequencing reads..  BioRxiv.  006395.
  • Ganapathy, G., Howard, J. T., Ward, J. M., Li, J., Li, B., Li, Y., Xiong, Y., Zhang, Y., Zhou, S., Schwartz, D. C., others. (2014).  High-coverage sequencing and annotated assemblies of the budgerigar genome.  GigaScience.  3(1).  1–9.
  • Garvin, T., Aboukhalil, R., Kendall, J., Baslan, T., Atwal, G. S., Hicks, J., Wigler, M., Schatz, M. (2014).  Interactive analysis and quality assessment of single-cell copy-number variations.  BioRxiv.  011346.
  • Palumbo, A., Baumohl, J., Best, A., Bischof, J., Bowen, B., Brettin, T., Brown, T., Canon, S., Chan, S., Chandonia, J., others. (2014).  KBase: An Integrated Knowledgebase for Predictive Biology and Environmental Research.  Proceedings of the International Conference on Bioinformatics & Computational Biology (BIOCOMP).  1.
  • Schatz, M., Maron, L. G., Stein, J. C., Wences, A. H., Gurtowski, J., Biggers, E., Lee, H., Kramer, M., Antonio, E., Ghiban, E., others. (2014).  New whole genome de novo assemblies of three divergent strains of rice (O. sativa) documents novel gene space of aus and indica.  bioRxiv.  003764.
  • Fang, H., Wu, Y., Narzisi, G., O’Rawe, J. A., Barron, L., Rosenbaum, J., Ronemus, M., Iossifov, I., Schatz, M., Lyon, G. J. (2014).  Reducing INDEL calling errors in whole genome and exome sequencing data.  Genome Med.  6(10).  89.
  • Marcus, S., Lee, H., Schatz, M. (2014).  SplitMEM: Graphical pan-genome analysis with suffix skips.  bioRxiv.  003954.
  • Iossifov, I., O’Roak, B. J., Sanders, S. J., Ronemus, M., Krumm, N., Levy, D., Stessman, H. A., Witherspoon, K. T., Vives, L., Patterson, K. E., others. (2014).  The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder.  Nature.  515(7526).  216–221.
  • Schatz, M., Maron, L. G., Stein, J. C., Wences, A. H., Gurtowski, J., Biggers, E., Lee, H., Kramer, M., Antoniou, E., Ghiban, E., others. (2014).  Whole genome de novo assemblies of three divergent strains of rice, Oryza sativa, document novel gene space of aus and indica.  Genome biology.  15(11).  1–16.
  • Trapnell, C., Schatz, M. (2013).  3 Application documentation.
  • Maron, L. G., Guimaraes, C. T., Kirst, M., Albert, P. S., Birchler, J. A., Bradbury, P. J., Buckler, E. S., Coluccio, A. E., Danilova, T. V., Kudrna, D., others. (2013).  Aluminum tolerance in maize is associated with higher MATE1 gene copy number.  Proceedings of the National Academy of Sciences.  110(13).  5241–5246.
  • Bradnam, K. R., Fass, J. N., Alexandrov, A., Baranay, P., Bechner, M., Birol, I., Boisvert, S., Chapman, J. A., Chapuis, G., Chikhi, R., others. (2013).  Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species.  GigaScience.  2(1).  1–31.
  • Saw, J. H., Schatz, M., Brown, M. V., Kunkel, D. D., Foster, J. S., Shick, H., Christensen, S., Hou, S., Wan, X., Donachie, S. P. (2013).  Cultivation and complete genome sequencing of Gloeobacter kilaueensis sp. nov., from a lava cave in Kilauea Caldera, Hawai’i.  PloS one.  8(10).  e76376.
  • Ming, R., VanBuren, R., Liu, Y., Yang, M., Han, Y., Li, L., Zhang, Q., Kim, M., Schatz, M., Campbell, M., others. (2013).  Genome of the long-living sacred lotus (Nelumbo nucifera Gaertn.).  Genome Biology.  14(5).  1–11.
  • Schatz, M., Phillippy, A. M., Sommer, D. D., Delcher, A. L., Puiu, D., Narzisi, G., Salzberg, S. L., Pop, M. (2013).  Hawkeye and AMOS: visualizing and assessing the quality of genome assemblies.  Briefings in bioinformatics.  14(2).  213–224.
  • Doolittle, W. F., Fraser, P., Gerstein, M. B., Graveley, B. R., Henikoff, S., Huttenhower, C., Oshlack, A., Ponting, C. P., Rinn, J., Schatz, M., others. (2013).  Sixty years of genome biology.  Genome Biol.  14(4).  113–119.
  • Roberts, R. J., Carneiro, M. O., Schatz, M. (2013).  The advantages of SMRT sequencing.  Genome Biol.  14(6).  405.
  • Schatz, M., Langmead, B. (2013).  The DNA data deluge.  Spectrum, IEEE.  50(7).  28–33.
  • Schatz, M., Taylor, J., Schelhorn, S. (2013).  The DNA60IFX contest.  Genome biology.  14(6).  124.
  • Schatz, M. (2012).  Computational thinking in the era of big data biology.  Genome biology.  13(11).  177.
  • Schatz, M., Witkowski, J., McCombie, W. R., others. (2012).  Current challenges in de novo plant genome sequencing and assembly.  Genome Biol.  13(4).  243.
  • Iossifov, I., Ronemus, M., Levy, D., Wang, Z., Hakker, I., Rosenbaum, J., Yamrom, B., Lee, Y., Narzisi, G., Leotta, A., others. (2012).  De novo gene disruptions in children on the autistic spectrum.  Neuron.  74(2).  285–299.
  • Price, J. C., Udall, J. A., Bodily, P. M., Ward, J. A., Schatz, M., Page, J. T., Jensen, J. D., Snell, Q. O., Clement, M. J. (2012).  De novo identification of" heterotigs" towards accurate and in-phase assembly of complex plant genomes.  Proceedings of the International Conference on Bioinformatics & Computational Biology (BIOCOMP).  207.
  • Salzberg, S. L., Phillippy, A. M., Zimin, A., Puiu, D., Magoc, T., Koren, S., Treangen, T. J., Schatz, M., Delcher, A. L., Roberts, M., others. (2012).  GAGE: A critical evaluation of genome assemblies and assembly algorithms.  Genome research.  22(3).  557–567.
  • Schatz, M., Delcher, A. L., Roberts, M., Marccais, G., Pop, M., Yorke, J. A. (2012).  GAGE: A critical evaluation of genome assemblies and assembly algorithms Steven L. Salzberg, Adam M. Phillippy, Aleksey Zimin, Daniela Puiu, Tanja Magoc, Sergey Koren, Todd J. Treangen.  Genome research.  22.  557–567.
  • Lee, H., Schatz, M. (2012).  Genomic dark matter: the reliability of short read mapping illustrated by the genome mappability score.  Bioinformatics.  28(16).  2097–2105.
  • Gurtowski, J., Schatz, M., Langmead, B. (2012).  Genotyping in the cloud with crossbow.  Current Protocols in Bioinformatics.  15–3.
  • Koren, S., Schatz, M., Walenz, B. P., Martin, J., Howard, J. T., Ganapathy, G., Wang, Z., Rasko, D. A., McCombie, W. R., Jarvis, E. D., others. (2012).  Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads.  Nature biotechnology.  30(7).  693–700.
  • Schatz, M. (2012).  Illuminating the genetics of complex human diseases.  BMC Proceedings.  6(Suppl 6).  O4.
  • Park, S. J., Jiang, K., Schatz, M., Lippman, Z. B. (2012).  Rate of meristem maturation determines inflorescence architecture in tomato.  Proceedings of the National Academy of Sciences.  109(2).  639–644.
  • Schatz, M., Phillippy, A. M. (2012).  The rise of a digital immune system.  GigaScience.  1(1).  4.
  • Earl, D., Bradnam, K., John, J. S., Darling, A., Lin, D., Fass, J., Yu, H. O., Buffalo, V., Zerbino, D. R., Diekhans, M., others. (2011).  Assemblathon 1: a competitive assessment of de novo short read assembly methods.  Genome research.  21(12).  2224–2241.
  • Donia, M. S., Fricke, W. F., Partensky, F., Cox, J., Elshahawi, S. I., White, J. R., Phillippy, A. M., Schatz, M., Piel, J., Haygood, M. G., others. (2011).  Complex microbiome underlying secondary and primary metabolism in the tunicate-Prochloron symbiosis.  Proceedings of the National Academy of Sciences.  108(51).  E1423–E1432.
  • Bogdanove, A. J., Koebnik, R., Lu, H., Furutani, A., Angiuoli, S. V., Patil, P. B., Van Sluys, M., Ryan, R. P., Meyer, D. F., Han, S., others. (2011).  Two new complete genome sequences offer insight into host and tissue specificity of plant pathogenic Xanthomonas spp..  Journal of bacteriology.  193(19).  5450–5464.
  • Kingsford, C., Schatz, M., Pop, M. (2010).  Assembly complexity of prokaryotic genomes using short reads.  BMC bioinformatics.  11(1).  1.
  • Schatz, M., Delcher, A. L., Salzberg, S. L. (2010).  Assembly of large genomes using second-generation sequencing.  Genome research.  20(9).  1165–1173.
  • Schatz, M., Langmead, B., Salzberg, S. L. (2010).  Cloud computing and the DNA data race.  Nature biotechnology.  28(7).  691.
  • Schatz, M., Sommer, D., Kelley, D., Pop, M. (2010).  De Novo assembly of large genomes using cloud computing.  Proceedings of the Cold Spring Harbor Biology of Genomes Conference.
  • Cornman, R. S., Schatz, M., Johnston, J., Chen, Y., Pettis, J., Hunt, G., Bourgeois, L., Elsik, C., Anderson, D., Grozinger, C. M., others. (2010).  Genomic survey of the ectoparasitic mite Varroa destructor, a major pest of the honey bee Apis mellifera.  Bmc Genomics.  11(1).  1.
  • Schatz, M. (2010).  High Performance Computing for DNA Sequence Alignment and Assembly.
  • Schatz, M., Phillippy, A. M., Gajer, P., DeSantis, T. Z., Andersen, G. L., Ravel, J. (2010).  Integrated microbial survey analysis of prokaryotic communities for the PhyloChip microarray.  Applied and environmental microbiology.  76(16).  5636–5638.
  • Dalloul, R. A., Long, J. A., Zimin, A. V., Aslam, L., Beal, K., Blomberg, Le Ann., Bouffard, P., Burt, D. W., Crasta, O., Crooijmans, R. P., others. (2010).  Multi-platform next-generation sequencing of the domestic turkey (Meleagris gallopavo): genome assembly and analysis.  PLoS Biol.  8(9).  e1000475.
  • Kelley, D. R., Schatz, M., Salzberg, S. L. (2010).  Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors.  Genome Biol.  11(11).  R116.
  • Schatz, M., others. (2010).  The missing graphical user interface for genomics.  Genome Biol.  11(8).  128.
  • Zimin, A. V., Delcher, A. L., Florea, L., Kelley, D. R., Schatz, M., Puiu, D., Hanrahan, F., Pertea, G., Van Tassell, C. P., Sonstegard, T. S., others. (2009).  A whole-genome assembly of the domestic cow, Bos taurus.  Genome Biol.  10(4).  R42.
  • Schatz, M. (2009).  CloudBurst: highly sensitive read mapping with MapReduce.  Bioinformatics.  25(11).  1363–1369.
  • San, N., Donmez, G., Nazir, H. (2009).  Direct Submission.  Submitted (06-AUG-2009) Biology Department, Ankara University.
  • Cornman, R. S., Chen, Y. P., Schatz, M., Street, C., Zhao, Y., Desany, B., Egholm, M., Hutchison, S., Pettis, J. S., Lipkin, W. I., others. (2009).  Genomic analyses of the microsporidian Nosema ceranae, an emergent pathogen of honey bees.  PLoS Pathog.  5(6).  e1000466.
  • Schatz, M. (2009).  High Throughput Sequence Analysis with MapReduce.
  • Langmead, B., Schatz, M., Lin, J., Pop, M., Salzberg, S. L. (2009).  Human SNPs from short reads in hours using cloud compu ng.
  • Trapnell, C., Schatz, M. (2009).  Optimizing data intensive GPGPU computations for DNA sequence alignment.  Parallel computing.  35(8).  429–440.
  • Navlakha, S., Schatz, M., Kingsford, C. (2009).  Revealing biological modules via graph summarization.  Journal of Computational Biology.  16(2).  253–264.
  • Schatz, M. (2009).  Scalable Solutions for DNA Sequence Analysis.
  • Langmead, B., Schatz, M., Lin, J., Pop, M., Salzberg, S. L. (2009).  Searching for SNPs with cloud computing.  Genome Biol.  10(11).  R134.
  • Schatz, M. (2008).  BlastReduce: high performance short read mapping with MapReduce.  University of Maryland, http://cgis. cs. umd. edu/Grad/scholarlypapers/papers/MichaelSchatz. pdf.
  • Suzuki, J. Y., Tripathi, S., Fermín, G. A., Jan, F., Hou, S., Saw, J. H., Ackerman, C. M., Yu, Q., Schatz, M., Pitz, K. Y., others. (2008).  Characterization of insertion sites in Rainbow papaya, the first commercialized transgenic fruit crop.  Tropical Plant Biology.  1(3-4).  293–309.
  • Desjardins, C. A., Gundersen-Rindal, D. E., Hostetler, J. B., Tallon, L. J., Fadrosh, D. W., Fuester, R. W., Pedroni, M. J., Haas, B. J., Schatz, M., Jones, K. M., others. (2008).  Comparative genomics of mutualistic viruses of Glyptapanteles parasitic wasps.  Genome Biol.  9(12).  R183.
  • Fermín, G., Saw, J., Ackerman, C., Suzuki, J., Tripathi, S., Schatz, M., Pitz, K., Yépes, M., Fitch, M., Manshardt, R., others. (2008).  Efforts to Deregulate Rainbow Papaya in Japan: Molecular Characterization of Transgene and Vector Inserts.  II International Symposium on Papaya 851.  235–240.
  • Phillippy, A. M., Schatz, M., Pop, M. (2008).  Genome assembly forensics: finding the elusive mis-assembly.  Genome Biol.  9(3).  R55.
  • Salzberg, S. L., Sommer, D. D., Schatz, M., Phillippy, A. M., Rabinowicz, P. D., Tsuge, S., Furutani, A., Ochiai, H., Delcher, A. L., Kelley, D., others. (2008).  Genome sequence and rapid evolution of the rice pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A.  BMC genomics.  9(1).  204.
  • Schatz, M., Cooper-Balis, E., Bazinet, A. (2008).  Parallel network motif finding.  Techinical report, University of Maryland Insitute for Advanced Computer Studies.
  • Ming, R., Hou, S., Feng, Y., Yu, Q., Dionne-Laporte, A., Saw, J. H., Senin, P., Wang, W., Ly, B. V., Lewis, K. L., others. (2008).  The draft genome of the transgenic tropical fruit tree papaya (Carica papaya Linnaeus).  Nature.  452(7190).  991–996.
  • Ghedin, E., Wang, S., Spiro, D., Caler, E., Zhao, Q., Crabtree, J., Allen, J. E., Delcher, A. L., Guiliano, D. B., Miranda-Saavedra, D., others. (2007).  Draft genome of the filarial nematode parasite Brugia malayi.  Science.  317(5845).  1756–1760.
  • Carlton, J. M., Hirt, R. P., Silva, J. C., Delcher, A. L., Schatz, M., Zhao, Q., Wortman, J. R., Bidwell, S. L., Alsmark, U. C., Besteiro, S., others. (2007).  Draft genome sequence of the sexually transmitted pathogen Trichomonas vaginalis.  Science.  315(5809).  207–212.
  • Clark, A. G., Eisen, M. B., Smith, D. R., Bergman, C. M., Oliver, B., Markow, T. A., Kaufman, T. C., Kellis, M., Gelbart, W., Iyer, V. N., others. (2007).  Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny.  Nature.  450(7167).  203–218.
  • Schatz, M., Trapnell, C. (2007).  Fast exact string matching on the GPU.  Center for Bioinformatics and Computational Biology.
  • Nene, V., Wortman, J. R., Lawson, D., Haas, B., Kodira, C., Tu, Z. J., Loftus, B., Xi, Z., Megy, K., Grabherr, M., others. (2007).  Genome sequence of Aedes aegypti, a major arbovirus vector.  Science.  316(5832).  1718–1723.
  • Schatz, M., Phillippy, A. M., Shneiderman, B., Salzberg, S. L. (2007).  Hawkeye: an interactive visual analytics tool for genome assemblies.  Genome biology.  8(3).  R34.
  • Schatz, M., Trapnell, C., Delcher, A. L., Varshney, A. (2007).  High-throughput sequence alignment using Graphics Processing Units.  BMC bioinformatics.  8(1).  474.
  • Desjardins, C. A., Gundersen-Rindal, D. E., Hostetler, J. B., Tallon, L. J., Fuester, R. W., Schatz, M., Pedroni, M. J., Fadrosh, D. W., Haas, B. J., Toms, B. S., others. (2007).  Structure and evolution of a proviral locus of Glyptapanteles indiensis bracovirus.  BMC microbiology.  7(1).  1.
  • Fouts, D. E., Mongodin, E. F., Mandrell, R. E., Miller, W. G., Rasko, D. A., Ravel, J., Brinkac, L. M., DeBoy, R. T., Parker, C. T., Daugherty, S. C., others. (2005).  Major structural differences and novel potential virulence mechanisms from the genomes of multiple Campylobacter species.  PLoS Biol.  3(1).  e15.
  • Schatz, M., Gajer, P., Salzberg, S. (2004).  Automated correction of genome sequence errors.  Nucleic acids research.  (2).  562–569.
  • Gajer, P., Schatz, M., Salzberg, S. L. (2004).  Automated correction of genome sequence errors.  Nucleic acids research.  32(2).  562–569.
Books
  • Church, A. H., Blackwood, S. (2012).  Good News.  First African Baptist Church of Philadelphia.
Book Chapters
  • Narzisi, G., Mishra, B., Schatz, M. (2014).  On algorithmic complexity of biomolecular sequence assembly problem.  Algorithms for Computational Biology.  Springer International Publishing.  183–195.
Other Publications
  • Schatz, M. (2012).  Entering the Era of Mega-genomics (JGI Seventh Annual User Meeting 2012: Genomics of Energy and Environment).  DOE Joint Genome Institute (JGI), LBNL (Lawrence Berkeley National Laboratory (LBNL), Berkeley, CA (United States)).
Conference Proceedings
  • Amin, M. R., Skiena, S., Schatz, M. (2016).  NanoBLASTer: Fast alignment and characterization of Oxford Nanopore single molecule sequencing reads.  Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS), 2016 IEEE 6th International Conference on.  1–6.
  • Schatz, M. (2015).  Perfect Long Read Assembly and the Rise of Pan-Genomics.  Plant and Animal Genome XXIII Conference.
  • Schatz, M. (2015).  The resurgence of reference quality genome sequence.  Plant and Animal Genome XXIII Conference.
  • Schatz, M. (2014).  de novo Assembly of Complex Genomes Using Single Molecule Sequencing.  Plant and Animal Genome XXII Conference.
  • Blood, P. D., Marcus, S., Schatz, M. (2014).  Large-scale Sequencing and Assembly of Cereal Genomes Using Blacklight.  Proceedings of the 2014 Annual Conference on Extreme Science and Engineering Discovery Environment.  20.
  • Schatz, M. (2014).  Variation & RNAseq Service in KBase.  Plant and Animal Genome XXII Conference.
  • Ward, J. A. (2012).  A draft assembly and analysis of the highly heterozygous diploid red raspberry genome (Rubus idaeus cv. Heritage).  Plant and Animal Genome XX Conference (January 14-18, 2012).
  • Schatz, M. (2012).  De novo assembly of complex genomes using 3rd generation sequencing.  Plant and Animal Genome XX Conference (January 14-18, 2012).
  • Menon, R. K., Bhat, G. P., Schatz, M. (2011).  Rapid parallel genome indexing with MapReduce.  Proceedings of the second international workshop on MapReduce and its applications.  51–58.
  • Lin, J., Schatz, M. (2010).  Design patterns for efficient graph algorithms in MapReduce.  Proceedings of the Eighth Workshop on Mining and Learning with Graphs.  78–85.
Back to top